河流是各种水生生物生存的自然空间。河流给人类提供了宝贵的水资源，同时对全球环境变化起着重要的调节和改善作用。当今，河流退化已被公认是全球性的生态环境问题。由于污水的直接排放和用混凝土“包”起来的河道治理工程导致城市河流污染严重，使河流丧失生命。有史以来，河流正经历前所未有的改变，这种改变给人类生存带来了危机，我院杨海军教授自2001年12月回国工作后，开展了受损河流的生态修复研究工作。通过近10年的努力，取得了系统性理论和技术研究成果，出版了《河流生态修复的理论与技术》（编著）、《河流生态修复工程案例研究》（著）、《河流生态系统评价指标体系研究》（著）。

目前三本书作为河流生态修复的一个系列，已被“清华大学”“安徽大学”“大连理工大学”“东南大学”“吉林大学”“同济大学”“陕西师范大学”“西北农林科技大学”图书馆收藏！
《河流生态修复的理论与技术》一书，论述了如何在确保防洪的前提条件下，将生态学原理应用到水利工程中，通过对河流治理工程的生态设计与控制，是受损害的河流生态系统恢复到受损干扰前的自然状态及景观格局，即恢复河流生态系统合理的内部结构。高效的系统功能和协调的内在关系的理论和技术。

《河流生态修复工程案例研究》：目前，世界上一些发达国家都在进行河流回归自然的生态恢复。我国在21世纪初也开始探索河流生态修复。本书从设计理念、修复过程、修复指标尺度及效果评价等角度系统阐述了中国、日本和韩国的河流生态修复工程案例，并指出了各案例的优点及以后需要改善提升的要点。本书为退化河流的生态修复提供了可参考的修复思想和技术模式，对推动我国河流生态修复技术的进步具有指导意义。

《河流生态系统评价指标体系研究》对受损河流生态系统的科学诊断和对修复后河流生态系统的科学监测是维持河流健康生命的基石。但是我国目前还没有形成一套系统的河流生态系统评价指标体系，严重制约了河流生态系统管理和维持技术的发展。鉴于此，根据我国的国情，在借鉴国内外已有研究工作的基础上，本研究从常规、重点、快速、指示物种指标尺度构建了操作性强的河流生态系统评价指标体系。这一评价指标体系不仅能够诊断河流生态系统的健康现状、分析和揭示导致河流生态系统退化的主要原因与作用机制，科学规范和检验河流生态修复工程，还能预测未来变化趋势，从而提高河流污染控制和生态系统保护的管理水平。